Selama ini, kata ninja identik dengan baju warna gelap, wajah bercadar, gerak cepat, dan kegelapan malam. Kesan ini mungkin akan segera berubah ketika kita membaca kisah petualangan Naruto.
Naruto adalah seorang ninja muda yang tinggal di desa kaum ninja, Desa Konoha. Desa Konoha dipimpin oleh seorang Hokage, dan di tempat ini pulalah ninja muda seperti Naruto belajar untuk menjadi ninja sejati. Bersama teman-temannya, Naruto harus menyelesaikan sekolah ninja, menempuh ujian akhir, sebelum akhirnya diberi sertifikat untuk menjalankan misi ninja. Misi ini ada berbagai macam, dari kelas C hingga kelas A, bergantung pada tingkat kesulitannya.

Dalam petualangannya, Naruto ditemani oleh sahabat-sahabat setianya. Ada Sasuke Uchiha, ninja tampan yang sangat misterius, menguasai berbagai jurus tingkat tinggi seperti Chidori (Jurus Petir) dan Sharingan (Jurus Peniru). Ada pula Sakura, ninja perempuan cantik berkepribadian ganda. Sasuke dan Sakura adalah sahabat dekat Naruto sekaligus rekan satu timnya dalam menempuh ujian akhir ninja. Selain itu masih ada Shikamaru (pemilik jurus bayangan), Kiba (bersama anjingnya, Akamaru, menciptakan jurus yang sangat kuat), Shino (pengendali serangga), Rock Lee (Karakter yang sangat mirip dengan Bruce Lee), guru Kakashi Hattake (salah satu penguasa jurus Sharingan) dan tokoh-tokoh lainnya. Selanjutnya, Naruto akan menambah koleks jurusnya, mulai dari Kagebunshin No Jutsu (jurus seribu bayangan), Harem No Jutsu (Jurus seribu bayangan versi wanita cantik), Rasengan, hingga transformasinya menjadi rubah berekor sembilan.
Dengan berbagai kekuatan itulah kaum ninja dari desa Konoha harus melawan musuh-musuhnya. Mereka antara lain adalah Orochimaru, pengendali ular raksasa yang ingin menguasai dunia; Sabaku no Gaara dari negeri padang pasir; Klan Uchiha yang sangat kuat dan misterius, serta berbagai musuh kuat lainnya. Untuk mengetahui lebih lanjut tentang pengalaman Naruto dan kawan-kawan, silakan baca komiknya.